揭秘中国人群肾癌关键致病基因：复旦交大团队发文《自然·通讯》

如多数肿瘤一样，肾癌的分子分型是提高肾癌疗效及肾癌精准治疗的关键。

美国临床肿瘤蛋白质组学会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium， CPTAC)曾公布了103例透明细胞肾癌患者的蛋白质基因组学特征，为欧美国家的肾癌精准治疗提供了依据。但该数据来源于西方肾癌患者，同国内的患者存在差距，该研究并不能满足国内肾癌临床和基础研究中的迫切需求。

复旦大学丁琛教授团队、叶定伟教授团队和上海交通大学赵健元教授团队联合对232例本土肾癌患者人群的肾透明细胞癌（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）进行了分析 ，综合蛋白组、基因组并结合患者临床病理特征和生存数据，描绘了中国透明细胞肾癌的蛋白质基因表达图谱，揭示了中国人群肾癌关键致病基因变异。为更优的诊疗提供了依据。该工作发表于《自然·通讯》1。

下图描述了该研究的整体思路和方法。

Fig. 1a: Schematic representation of the multiomics analyses of ccRCC, including sample preparation, protein identification, WES, and function verification.

其中WES（全外显子组测序）是关键数据之一。

作者在文中特别提到，该工作分别使用了IDT埃德特公司的DNA建库试剂盒（原Swift Biosciences*）、接头、外显子WES panel以及定制探针，并使用到了贝克曼库尔特的SPRIselect (Beckman, B23319)进行了文库的纯化。

* 2021年3月，IDT埃德特完成对于Swift Biosciences公司的收购。

IDT埃德特公司的相关产品：

1. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 建库试剂盒

使用该试剂盒可对cfDNA样本或FFPE组织提取的 DNA 样本进行灵敏、准确的变异检测。使用该试剂盒的专用连接法，可使转化率达到最高并抑制接头二聚体形成。在单链连接期间引入特异性分子标签 (UMI) 序列，便于采用多种去重和纠错法。

2. 原Swift Accel-NGS 2S Hyb DNA 建库试剂盒（现IDT 2S Hyb DNA 建库试剂盒）

利用*的技术，保证样品高效的文库转化率，使得降解样品和低起始量等困难样品（例如FFPE、cfDNA等样品）产出高质量的测序数据。只需≥10 ng cfDNA 或≥ 100 ng gDNA即可进行PCR-free建库流程。*的5’ 和3’ 修复步骤，针对损伤样品（如物理打断后产生损失）进行修复；对于富含AT/GC的基因组区域覆盖度均一，适用于多种样品类型；优异、高效的文库转化效率使得更多分子进行转化，保持更高的文库复杂度；无需接头稀释，不同起始量也可保持稳定的文库转化效率。

3. IDT全外显子捕获试剂盒（xGen Exome Research Panel）

IDT全外显子捕获试剂盒（xGen Exome Research Panel）v2由 415,115 条单独合成且经过质控检验的 xGen Lockdown 探针组成。探针组跨越人基因组的 34 Mb 目标区域（19,433 个基因），并且覆盖 39 Mb 的探针空间（即由探针覆盖的基因组区域）。探针组中的所有探针均严格按照 ISO 13485 标准进行生产。探针使用全新的“捕获感知”(capture-aware) 算法进行设计，并进行了专有的脱靶分析，确保实现最完整的设计覆盖度。每条探针均经过质谱法和双定量测量检验，确保探针的质量及在探针库中具有适当的代表性。通过始终如一的深度覆盖，致力于推动临床科学研究。

关于贝克曼库尔特的SPRselect：

SPRI纯化技术采用顺磁性磁珠、选择性的结合特定大小的核酸，已广泛应用于NGS的纯化及片段筛选等领域，被超200多主流NGS试剂盒推荐，超15,000篇论文引用。相比于传统纯化磁珠，SPRIselect更具备如下优势：

1，室温储存。

即拿即用、省钱省时：节省昂贵的冰箱空间，更省去大量温度平衡的时间；

2，精准的片段筛选，且保证不同批次间稳定性。

不论今年或明年，可靠的SPRIselect将始终如一的产出可重复的片筛结果，无需重复测试磁珠比例。如下图所示，不同批次间片筛均值差异不超过2 bp。提供片段筛选浓度指引。

3，专家选择

已有超40个建库试剂盒推荐SPRIselect；超1,000篇论文选用SPRIselect。

订购信息

参考文献：

1，Qu, Y., Feng, J., Wu, X, et. al. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nature Communications. (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-29577-x